01 动物组织类代谢组学样本处理方法

 

样本处理步骤

1）动物组织样本：若取整个组织采用灌流法，用预冷的去离子水去除组织中的血液残留；若取部分组织则在破碎组织后用预冷的去离子水漂洗掉血液残留；

人组织样本：小的活检样本，快速用预冷的去离子水冲洗，去除血液残留；

2）根据具体实验设计取特定的部位，250 mg/sample  装入离心管中；

3）做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min；

4）-80°C冰箱冻存。足量干冰寄送。

 

注意事项

1） 生物学重复取样部位尽量保持一致；

 2） 组织样本收集处理过程中注意避免麻醉、Ep管、收集器械等的污染；

 3） 样本收集应快速、冰上进行操作，尽量减少在-20℃或-80℃冰箱中保存时间；

 4） 及时分装样本，避免反复冻融。

 对于类似斑马鱼大脑组织、小鼠海马组织等单个实验动物组织重量较小的样本, 请咨询事业部。

 

02 细胞代谢组学样本处理方法

 

样本处理步骤

细胞样本细胞样本处理步骤

1） 悬浮细胞样本：离心收集悬浮细胞，用预冷的PBS快速清洗 2～3次，4°C ，1000g 低速离心1min，弃去上清，收集细胞于  2 mL进口离心管（冻存管）中，液氮速冻15min，-80°C保存，足量干冰运输。

 2） 贴壁细胞样本：将培养好的细胞去除培养基，用预冷的PBS清洗2～3次，弃去上清，最后加入1mL预冷的60%的甲醇水溶液（色谱级），使用细胞刮将培养容器中所有细胞都刮取干净，4°C，1000g低速离心1min，弃去上清，收集细胞在 2 mL进口离心管（冻存管）中，液氮速冻15min，-80°C保存，足量干冰运输。

细胞培养基（研究细胞外代谢）处理步骤

吸取大于5mL贴壁细胞的培养基，1000g，4°C离心 1min，取全部上清，液氮速冻15min，冻存到－80°C冰箱内，足量干冰寄送。

 

注意事项

1） 每个样本收集细胞数目尽量保证一致，上述整个过程需尽量迅速完成。

2） 培养基类型影响代谢物的种类，需保证细胞培养过程中培养基类型一致。

 3） 研究胞外代谢，在保证细胞存活率的情况下请使用无血清培养基。

 4） 将每个样本做好标记。

 

 

03 血浆、血清代谢组学样本处理方法

 

组织样本处理步骤

血浆样本处理步骤

推荐使用肝素钠抗凝管采集全血，并尽快进行血浆分离：3000 rpm 4°C离心  10min,取上层，0.2 mL/管分装至 2 mL 离心管中。做好标记后，液氮速冻15 min，-80°C冰箱冻存。足量干冰寄送。

血清样本处理步骤

血液收集在离心管或真空采血管中 37 °C（或室温）静置 1 h 进行凝固分层。然 后 3000 rpm 离心5 min，取上清转至干净的离心管中。再 12000 rpm 4°C离心10min，取上清分装到 2 mL 离心管中，每管 0.2 mL，做好标记后，液氮速冻15 min，-80 °C冰箱冻存。足量干冰寄送。

 

注意事项

1） 取样前动物样本禁食不禁水至少10 h，临床样本取样前3天，注意饮食清淡，取样前一天8点以后禁食禁水。样本处理过程尽量保持一致，包括样本放置时间、离心时间等。

2） 取血时如用酒精消毒，请擦干擦拭部位，待酒精完全挥发后再取样。

3） 采血管选择：血浆：推荐使用肝素钠抗凝管（绿色头盖），柠檬酸钠抗凝剂（蓝色或黑色头盖）与EDTA抗凝剂（紫色头盖）会对代谢物产生干扰及基质效应，应尽量避免使用。血清：采血时请使用不加抗凝剂的真空采血管（红色盖头）。

4） 建议尽量多收集样本并使用2 mL离心管分装冻存，切记避免反复冻融。

5）血清参考得率：30%~50%（例如：1 mL 全血大约能得 0.3~0.5 mL 血清）；血浆参考得率：≈50%（例如：1 mL 全血大约能得 0.5 mL 血浆）。

 

 

04 尿液代谢组学样本处理方法

 

组织样本处理步骤

晨起中段尿（临床）或晨间 1h 尿（动物），3000 rpm，4°C离心10 min，取中层澄清尿液，分装到离心管中，每管 500 μL，做好标记后，液氮速冻15 min，-80°C冰箱冻存，足量干冰寄送。

 

注意事项

1） 若动物 1 h 尿量不够，可分多次收集，如果需要收取 24 h尿液，请使用带有低温装置的代谢笼收取，并添加NaN3（0.05～0.1%w/v）。

2） NaN3的作用是防腐杀菌，有毒，请万分小心。

 

 

05 粪便、肠道内容物代谢组学样本处理方法

 

组织样本处理步骤

收集到新鲜粪便或肠道内容物样本后，分装样本250 mg/管，然后立即用液氮速冻处理15min，做好标记后保存至-80°C冰箱，足量干冰寄送。

 

注意事项

由于粪便/肠道内容物中有非常多的微生物，微生物代谢速度非常快，所以反复冻融会对代谢水平有非常大影响。建议样本收集后，按照250 mg/sample 进行分装冻存。

 

 

06 微生物代谢组学样本处理方法

 

组织样本处理步骤

微生物菌体取样步骤

采用离心法收集菌体（保证离心后菌体的体积一致），用预冷的PBS快速冲洗2-3 次，每次清洗后4°C，5000 rpm，离心5 min；将上清完全弃去，菌体收集在 2 mL进口离心管（冻存管）中，液氮速冻15 min，-80°C保存，足量干冰运输。

微生物培养液（研究胞外代谢）取样步骤

培养好的菌液混匀后，取大于5 mL的菌液，3000 rpm，4°C离心 10 min，取全部上清，液氮速冻15 min，冻存到－80°C冰箱内，足量干冰寄送。

 

注意事项

1） 微生物代谢速度非常快，所以所有的步骤需要尽快完成；

2） 不同样本间菌体数量要保持一致；

3） 一般OD600在0.6～0.8之间表明细菌处于对数生长期，经验浓度为108/mL，需根据   具体情况确认。

 

07 植物类代谢组学样本处理方法

 

叶片、茎、花组织样本处理步骤

取整片叶片/一段茎/一朵花，用锡箔纸包裹并标记后，迅速放入液氮中冷冻处理至少 15 min。取出后迅速放入自封袋中（每组一袋），在自封袋中放入标签纸注明样本信息。迅速放入-80°C 冰箱冻存。足量干冰寄送。

 

注意事项

1） 采集叶片样本时，最好在中午光照好的时间收集。

 2） 根据实验设计，采集样本时保持样本一致性，尤其是同一组样本（颜色、衰 老程度、叶脉占比、光照、位置等）。

3） 由于锡箔纸上 marker 笔标记容易模糊，所以建议同时在自封袋中放入标签纸注明。

 

根组织样本处理步骤

1） 取整株植物的根部，迅速用 1×PBS 漂洗掉根上的泥土。

2） 根据具体实验设计取植株根特定的部位，500 mg/sample  装入离心管中。

3） 做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少 15 min。

4）-80°C冰箱冻存。足量干冰寄送。

 

注意事项

1） PBS 漂洗时间要尽快； 

2） 由于根部组织特别脆弱，被挤压后会变成浆糊状，所以推荐保存至离心管中, 不建议用锡箔纸包裹。

 

果实、种子组织样本处理步骤

1） 对于含多汁、块头较大的果实（番茄、西瓜、苹果等）需要先用锋利的刀分割成“均匀”合适的小块（≈250 mg/sample）分装至 2 mL 离心管中，做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少15 min。

2） 对于细小的颗粒种子（拟南芥种子、谷物种子等），可以先将同一组的植株种子混匀后再分装（≈250 mg/sample）至 2 mL 离心管中。做好标记后迅速放入液氮中冷冻处理至少 15 min。

3） 对于要求对整个果实进行提取的（整粒葡萄等），需要把果实装在 50 mL 离心管中/自封袋中，做好标记后（同时放入自封袋中标签纸，注明样本信息）迅速放入液氮中冷冻处理至少 15 min。

 

注意事项

1） 对多汁的果实进行取样很难保持均一性（如番茄、皮、果肉、果瓤、籽的占比）,

强烈建议将整个果实进行研磨、冻干，对粉末进行称重分装。

2） 不推荐用锡箔纸包裹。